O tarihteki Bursa Milli Eğitim Müdürü Azmi Bey ile muhasebeci Reşat Bey'in kişisel gayretleriyle, Erkek Lisesi'nin bugünkü kimya labaratuvarının bulunduğu yerde açılan müze, Eylül 1904 yılında resmen açılmıştır,
1930 yılında Yeşil Medresesi'ne taşınan Arkeoloji Müzesi, 1972 yılında bugünkü yerine taşınmıştır. Yeşil Medresesi ise Etnografya Müzesi olarak hizmete devam etmektedir.
1907 yılında Gustave Mendel tarafından müzenin ilk katoloğu hazırlanıp 1908 yılında yayınlanmıştır.
Müzede; Bursa, Balıkesir, Çanakkale ve Afyon illerinden gelen Prehistorik eserlerin yanı sıra Bursa ve çeşitli illerden gelen taş eser, seramik, cam ve madeni eserler bulunur. Müzede ayrıca zengin bir sikke koleksiyonu da bulunmaktadır.
(YALMAN (1984) s.161; ABDULKADİR KADRİ (1911) s.31; R.AKBULUT "Herşeyi BURSA" s.22; A.M. Celal ŞENGÖR, Bursa Arkeoloji Müzesi'nin Feci Durumu, "Cumuhriyet Gaz. 15 Ocak 1993 Bilim Teknik Eki"; A.F. ZEREN, Bursa Müzesi Hayat Tarih Der. s.55-58; F.K.Dörner, Ausser Bithynische İnschriften İm Museum Von Bursa Und Neue Funde Aus Eski Şehir 1940)
