1330 yılında İznik'in alınmasından sonra Sultan Orhan tarafından camiye çevrilen bu yapı, çeşitli dönemlerde birçok tahribatlar yaşamıştır.
Bazı görüşlere göre; 325 tarihinde ilk hırıstıyan konsülü bu kiliseda toplanmıştır. Oysa, bu kilise, üzeri kubbe ile örtülü dört köşe bir mekandır. Hırıstıyan dünyasında, VI. yüzyıldan sonra yapılan yapı türlerinden olduğu için bu kilisede, 325 tarihinde bir konsül toplanması olası değildir.
Dikdörtgen planlı ve nefli olan bu yapı bazilika planlıdır. Yapı, farklı dönemlere ait malzeme ve duvar teknikleri gösterir. Beden duvarları altta büyük mermer bloklar ve kesme taşla; üstte tuğla, moloz taşı ve harç karışımı bir teknikle örülmüştür. Apsis duvarında yer yer gizli tuğla tekniği kullanılmıştır.
Yapıda, Bizans dönemine ait bazı fresko kalıntılarına da rastlanılır.
Bugün kubbesi tamamiyle yıkılmış olan yapı, koruma altına alınmasına karşın esaslı bir bakımdan geçirilmemiştir.
(KÜTÜK I. s.205; PAPADAPULOS, Nikaia 1914, s. 141; M. Alpatoff. Les fresques de Sainte Sophie de Nicee, EO 25 1926, s. 42; N. Brunoff, L'eglise de Sainte Sophie de Nicee, EO 24 1925, s. 471; OTTO-DORN, İznik 1941, s. 9; AYVERDİ I. (1966), s. 160; TEXİER (Ali Suat) (1924) s.182; S.Eyice, İznik 1991, s.16-21; H.Dernsch-wam İstanbul (Y.Önen) s.319; VAKIFLAR IV, (1986) S.206; AŞIKPAŞAOĞLU (Atsız) s.46)
