Ünlü bilim adamı ve ilk Osmanlı şeyhülislâmı olarak anılır. Doğduğu yer konusunda görüş birliği yoktur. Bazı araştırmacılara göre Maveraünnehir’deki Fenar kasabasında, kimilerine göreyse Yenişehir Feneri'nde doğmuştur -ne var ki bu ikinci olasılık oldukça zayıftır-, "Fenârf sanının, hem doğduğu kasabanın adından, hem de babası Hamza Efendi'nin bu kasabanın fenercisi olmasından kaynaklandığını öne süren iki ayrı görüş vardır. Anne tarafından Şeyh Sadrettin Konevi'ye akrabadır ve babası Hamza Efendi, Şeyh'ten eğitim almıştır. Hamza Efendi, Konevi'nin Miftahü'l Gayb adlı yapıtını oğluna öğretmiş, yetişmesinde etkili olmuştur. Çağının ünlü bilginlerinden Alaattin Esved ile Karaman'da Cemalettin Aksarayfden ders görmüştür. Sonra eğitimini geliştirmek amacıyla Mısır'a gittiği, orada Şair Ahmedi ve Hekim Hacı Paşa'yla birlikte Şeyh Ekmelettin'in öğrencisi olduğu bilinir. Ayrıca astronomi ve matematik dersleri almıştır. Astronomi konusunda çok önemli çalışmaları vardır. Hicaz'a gitmiş, dönüşünde bir süre Mısır'da müderrislik yapmıştır. Bu sırada, şehzadeliği döneminde öğretmenliğini yaptığı Çelebi Mehmet'ten aldığı çağrı üzerine Anadolu'ya dönerek Bursa'da kalmış, Manastır medresesi müderrisliğiyle görevlendirilmiştir. Bu sırada Şeyh Hamidettin : Kayseriyle tanışıp ve onun toplantılarına katılarak dersler almış ve tasavvufu öğrenmiştir. 1424'te Murat II tarafından "müft-il En'am (şeyhülislam)" olarak atanmıştır. Çevresinde "Allâme1' sanıyla anılmıştır. Altı yıl süreyle şeyhülislam, müderris ve kadı olarak görev yaptıktan sonra yeniden Hicaz'a gider ve dönüşünde ölür. Bursa'da bir cami ve medrese yaptırmış, bu caminin bahçesinde de gömülmüştür. Ünlü mimar ve devlet adamı Hacı İvaz Paşa ile aralarında rekabet ve geçimsizlik bulunduğu bilinmektedir. Kaynaklarda bununla ilgili bir anekdot yer alır:
Molla Fenari 'nin yaşlılık yıllarında gözleri zayıflayınca Hacı İvaz Paşa, "Allah'tan istediğim bu âmâ şeyhin cenaze namazını kılmaktır'1 demiş. Bu söz Molla Fenari 'ye iletildiğinde, ''O cahildir, cenaze üzerine iyi namaz kılamaz. Umarım Allah-u Teâlâ gözlerimi açar, onu kör eder. Kör olarak ölür cenaze namazını ben kılarım" diye beddua etmiş. Bir süre sonra -söylentiye göre Molla Fenari 'nin gözleri açılır, ancak çeşitli dedikodular sonucu padişahın hışmına uğrayan Hacı İvaz Paşa'nın gözlerine mil çekilir; kısa süre sonra ölünce cenaze namazı Molla Fenari tarafından kıldırılır. Din ilimleri yanında deneysel bilimlere de büyük ilgi duyan Molla Fenari, Taşköprizâde'nin Şaka'ikü'n-Numâniye'sinde anılan, 'Toprak, yaşayışları bilgilerine uygun olan bilginlerin etini yemez" bilimindeki hadisin doğruluk derecesini araştırmak için, hocası Alaattin Esvet'in mezarını açtırarak cesedinin durumuna bakmıştır. Çok sayıda -abartılı bir söylemle on bin denilmektedir- kitabı bulunan bir kitaplığı vardır. Başlıca yapıtları: Şer-i Isâgûcf, Uveysât- ül Efkâr fi lhtiyâr-ı Uh'l-Ebsar, Aynü'l Ayân fi Tefsirü'l-Kur'an, Tefsirü'l-Fatiha vb.
