Biri, Türklerin bölgeye gelmezden önce yapılmış bulunan Bizans manastır ve kiliseleri, diğeri ise Osmanlı döneminde yapılmış olanlarıydı. Bursa’da bulunan kiliselerin çoğu, Osmanlı döneminde, hatta 18-19. yüzyılda yapılmış kiliselerdi. Kilise dışında, kırsal alanda külliye biçiminde yapılmış manastırlar da vardı.
Bursa fethedildiği zaman, şehir sadece Hisar içinden ibaretti. Bu tarihte Hisar'da 7 mahalle ile 7 kilise bulunduğu sanılmakta. Bu kiliselerin en büyüğü, Osman Bey'in türbesinin bulunduğu yerdeki Saint Helen Kilisesi'ydi. Kaynaklarda Gümüşlü Kümbet olarak anılan bu yapıya, daha sonra Orhan Bey de gömülmüştü. Kilise yıkılmamış, camiye dönüştürülmüştü. Ayrıca Kavaklı, Üftade, Şahadet Camii ile Lalaşahin Medresesi’nin de kiliseden çevrildiği savunulmakta. Yerkapı'da Darulkurra’nın hemen karşısındaki apartmanın temellerinde de bir kiliseye ait olduğu tahmin edilen bir yapı kalıntısı çıkmıştı.
